建文帝即位不久，为加强皇权，先后削去周王、代王、齐王等藩王的封号，把他们贬为庶人或杀害。一时间，其他藩王人心惶惶。
此时，北平周围及城内，遍布着朝廷的兵力。朝廷又以防边为名， 把燕王朱棣的护卫精兵，全部调至塞外戍守。朱棣感觉大难临头，他心里明白：“二哥、三哥死后，皇帝对自己最为忌惮，现在轮到我燕王了，必须要有应对之策。”他寝食难安，苦思冥想。终于，一个蒙混过关、免遭劫难的计策涌上心头。
一天，人们突然看见王府里跑出一个人，披头散发，狂奔大叫，看见东西就抢，倒在地上就睡，跟个傻子一样。仔细一看， 原来是燕王！他居然疯了！这个爆炸性消息很快传到南京，建文帝赶紧派心腹一探究竟。
时值盛夏，热浪袭人。建文帝的心腹到了燕王府，发现朱棣居然身裹棉衣，屋里还生着火盆，浑身打战，一个劲儿地喊冷。跟他说话时， 他也是瞪着眼睛，答非所问，不知所云。
心腹回到南京复命：“燕王是真的疯了！”
建文帝听后大喜，心头大患已不足为虑，从而放松了对燕王的监视。这也正中了朱棣的计谋。
练精兵南下夺位
面对建文帝的步步紧逼，朱棣则趁机招贤纳士，磨刀霍霍，等待时机，准备夺取帝位。这时，他的心腹姚广孝发挥了极其重要的作用。
朱棣与姚广孝相识于洪武十五年（1382）。当时，朱元璋的妻子马皇后病故，朱元璋选高僧侍奉各王，为她诵经荐福。22岁的朱棣赶赴南京奔丧，与47岁的姚广孝一见如故。后来，姚广孝前往北平，成为朱棣的重要谋士。
为了做好起事的准备，朱棣招兵买马，暗中操练。燕王府宽敞幽深， 是个绝佳的练兵场。但是，兵将操练，难免发出兵器碰撞声，易被朝廷密探觉察。于是，姚广孝献上一计，在府里饲养大量鹅鸭，让鹅鸭的鸣叫声遮盖操练兵马的响声。
建文元年（1399），朱棣发动靖难之役。起兵前，朱棣还有些犹豫， 怕道义上落了下风而有违民心。姚广孝对朱棣说：“我知道天意本该如此，您不用考虑民心所向。”朱棣终于下定了决心。
起兵之际，一阵狂风突然将燕王府屋顶的青瓦刮落。朱棣见到一惊， 觉得是不祥之兆，又心起犹豫。姚广孝机智应对，说道：“青瓦刮落，预示着要换黄瓦了，这是好事。天助我也！”朱棣疑虑顿消，遂以“清君侧，靖国难”的口号，击鼓起兵，浩浩荡荡南下。经过4年的杀伐征战， 朱棣最终夺取皇位。
朱棣画像
如今，燕王府早已淹没在历史的长河中，更不能与朱棣后来兴建的紫禁城相提并论。但是，它见证了那个时代的风云变幻，目睹了一代帝王的成长历程，依然留在后人的记忆中。